深圳企业个人所得税的申报流程如下：
互联网申报方式
登录国家税务总局深圳市税务局网站，进入“网上办税大厅”。
点击“个人所得税”菜单，选择“个人所得税申报”。
在申报页面上，确认自己的身份信息并核对往年申报信息。
根据自己的实际情况填写申报表，包括工资、薪金所得、稿酬所得、特许权使用费、利息、股息红利、财产租赁、偶然所得、赔偿所得等各种收入来源。
填写完毕后，确认申报表信息，点击“提交申报”按钮。
系统会自动进行申报信息的审核，如有错误或漏填，系统会提示修改或补充信息。
审核通过后，按照页面提示进行缴款操作，可以选择网上缴税或去银行柜台缴税。
缴税完成后，可以在网站上查询缴税状态和申报情况，并打印个人所得税申报表。
窗口申报方式
由纳税人直接到主管的区地方税务局（税务所）办税服务厅办理，也可以委托有税务代理资质的中介机构或者他人代为办理，或者由扣缴义务人代为报送纳税人填写签名的《纳税申报表》。
邮寄申报方式
由纳税人采取挂号信函形式办理。将填写好的《纳税申报表》寄给主管的区地方税务局，信封正面左下方注明“个人所得税自行纳税申报”字样。税务机关以邮政部门挂号信函收据作为申报凭据，以寄出的邮戳日期为实际申报日期。
建议
推荐使用互联网申报方式，因为这种方式最为便捷，可以随时随地进行申报和缴税，并且可以实时查询申报状态和打印完税证明。
如果选择窗口申报或邮寄申报，建议提前了解相关税务局的地址和联系方式，以确保申报过程顺利。