与政府部门沟通合作的方法如下：
调整心态，树立平常心
避免两个极端心态，一是过分迷信政府，唯领导旨意是从；二是认为政府工作人员花了钱就能办事。应该树立平常心，多与政府沟通，勤读政策文件，与官员交朋友，营造良性的新型政商关系。
企业组建政府事务部
企业应组建政府事务部，研究政府执政方式，分析政策，提升政策分析和预测能力，科学处理与政府的关系。企业政务专业应走在企业其他工作前面，尤其政府政策变化快，企业老总要把政企关系放在战略高度亲自抓。
立体沟通，掌握渠道和工具
熟悉政府网站和新媒体应用，利用政府网站进行咨询、申请和反馈。关注“12345”市民热线电话等渠道，及时解决问题。争当政协委员和人大代表，或在这些组织中发声，利用提案和建议与政府沟通。
明确目标，把握关键点
明确自己的需求和目标，了解政府的职能和权力，找到合适的部门和领导进行沟通。找合适的人作中介，安排合适的地点和时间，提高沟通效率。
加强与政府部门的信息沟通
企业公共关系部门要密切关注政府动态，搜集政策文件，根据政策变化调整企业政策和活动。企业应为政府决策提供支持和帮助，树立支持政府工作为己任的观念。
与政府人员建立良好关系
通过举办企业活动、邀请政府官员参观等方式，增进彼此了解，建立亲密合作关系。企业领导可以利用这些机会与政府官员成为好朋友，互相帮助。
熟悉政府部门的办事程序和方法
了解和熟悉政府部门的组织机构、职权职能和办事程序，减少沟通成本，提高工作效率。由专人负责与政府公众的联系，保持沟通的连续性和有效性。
合法投诉和监督
如果认为政府部门的行为侵犯了自己的权益，可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径进行投诉和监督。利用政府网站、信访局、国家纪检委官网等渠道进行投诉。
通过以上方法，可以有效地与政府部门建立良好的沟通和合作关系，为企业发展创造有利条件。