厂房改造需要办理的手续包括：
申请建设工程规划许可证
企业需要向相关部门提交详细的改建方案、施工图纸及相关材料，以确保改建工程符合城市规划和建设法规的要求。
办理施工许可证
企业需要向当地建设主管部门递交申请，并提交施工图纸、工程量清单、施工组织设计等相关材料，以获得施工许可证。
办理土地使用证和房产证
企业需要与土地管理部门和房产管理部门联系，按照相关规定提交申请材料，以获得土地使用证和房产证。
消防审批
在厂房改造前，需要通过消防检验，安装消防设施，并到当地消防局进行报批。审批流程大约需要10个工作日。
房屋安全鉴定
厂房如果需要扩建或改建，需要提交申请书，由当地房屋安全鉴定公司对装修方案进行审定，并在20天内给予答复。
报建手续
企业需要携带批准书到当地行政主管部门申报报建手续，并领取施工许可证。同时，还需通过消防检验，确保所有手续流程办理完毕后才可开展施工。
环保审批
企业需要到环保局申报环评审批，以确保改造过程中的环境影响符合相关法规要求。
产权证办理
无论是木质结构还是砖混凝土结构，都可以办理厂房产权证。如果厂房面积较大，需要支付的手续费会相对较多。
控规调整
如果厂房改造成办公楼，需要经过有关城市规划行政主管部门同意，提交变更土地使用用途申请书，进行控规调整，并在住房和城乡建设部门办理建设审批。
建议企业在进行厂房改造前，详细咨询当地相关部门，确保所有手续齐全，并严格按照相关法规进行操作，以保证改造工程的合法性和安全性。