三证合一后，企业报税的操作流程如下：
及时进行税务登记
企业在三证合一后，需要及时进行税务登记，并确保税务登记信息与工商登记信息一致。
确定税种和票种
新公司办理好三证合一的营业执照后，需要到辖区的税局报到，确定税种和票种。
准备相关财务报表和税务资料
企业需要按照税务部门规定的时间节点，准备好相关财务报表和税务资料，如增值税发票、进项发票等，进行纳税申报。
选择报税方式
纳税申报可以选择线上或线下方式进行，具体操作可咨询当地税务部门。
进行纳税认证
一般情况下，专管员会主动通知纳税单位进行纳税认证，也可以主动联系专管员进行确认。
年检和报税
企业在三证合一后，仍然需要进行年检和报税手续。年检时，企业需要向相关部门递交年检申请表和相关资料，缴纳年检费用，等待年检结果。
携带必要材料
三证合一网上申报流程需要携带营业执照、代码证、国税地税税务登记证正副本原件、经办人身份证原件等材料到政务大厅办理。
网上审核和登记手续
办理三证合一后的税务登记，需要先联系当地税务机关了解具体申请流程及所需证件，然后向企业注册机构提出申请，提交所有证件并进行网上审核，最后到税务机关办理最终登记手续。
通过以上步骤，企业可以顺利完成三证合一后的报税工作。建议企业在办理过程中与当地税务机关保持沟通，确保所有步骤符合法规要求。