协议笔误的判定主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下是具体的处理方式：
合同内容有笔误的，签订合同的当事人可以协商一致后对错误的地方进行修改，或者直接重新签订合同，声明原合同作废 。当事人协商一致的，可以变更合同，合同完成变更之后，当事人就需要根据新的合同内容履行各自的义务，如果是一方擅自变更，则该变更行为无效。如果合同中出现笔误，需要根据笔误的情况进行确定处理方案
如果笔误并不影响合同主要内容的履行，那么双方可以及时更正。
如果笔误影响合同主要内容的履行，那么建议双方签订补充协议进行改正或者重新起草合同。
如果已经签订合同，发现笔误将导致合同发生重大变化，根据我国法律规定，下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销：
因重大误解订立的；
在订立合同时显失公平的。
一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销。当事人可以依法向人民法院提起诉讼撤销合同。
合同重要条款的笔误，可以与对方当事人协商对这部分内容进行修改；如果对方不同意修改的，可以向法院提起诉讼要求对笔误部分进行修改或者宣告无效。重要条款的笔误属于重大误解，因为这并不是合同订立当事人的真实意思表示。
综上所述，协议笔误的判定和处理方式主要依赖于当事人之间的协商一致或通过法律途径解决。在处理笔误时，应首先尝试协商更正，若协商无果或笔误影响重大，可寻求法律救济。